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1学期の終業式の日のことである。東京下町の中学校の菊地英治ら1年2組の男子生徒達が突如行方不明となる。親たちは懸命に英治らを探すが全く見つからない。実は英治らは、荒川河川敷の廃工場に立てこもって、外にいる橋口純子ら女子生徒と、FM発信機で外にFMラジオを送信する係の谷本聡と協力し、廃工場を日本大学全学共闘会議をまねた「解放区」とし、校則で抑圧する教師や勉強を押し付ける親に対し、反旗を翻していたのだ。だが、1年2組の男子生徒の柿沼直樹は、それに参加する前に誘拐されてしまった。英治たちは廃工場で出会った老人・瀬川卓蔵と共に彼を救出しに奮闘すると同時に、突入してきた教師に様々な仕掛けで対抗する…。