ひじやまさんの「全国の水族館ランキング」

鳥羽水族館（とばすいぞくかん、TOBA AQUARIUM）は、三重県鳥羽市に本拠地を置く、日本屈指の規模を誇る水族館である。2015年（平成27年）2月時点の展示生物は約1,200種で、日本国内では最大である。

神戸市立須磨海浜水族園（こうべしりつすまかいひんすいぞくえん）は、神戸市須磨区の須磨海浜公園内にある水族館。愛称「スマスイ」。1957年5月10日に神戸市立須磨水族館として開園（1968年までは交通局の所管だった）。

志摩マリンランド（しまマリンランド）は、三重県志摩市の賢島にある水族館。近鉄グループの一員。「マンボウの泳ぐ水族館」を標榜している。海女による餌付け実演やペンギンに触れることのできる催しを開催している。

大分マリーンパレス水族館（おおいたマリーンパレスすいぞくかん）は、大分県大分市の高崎山下海岸にある水族館である。通称は、うみたまご。1964年に大分生態水族館マリーンパレス（おおいたせいたいすいぞくかんマリーンパレス）として開館。2004年4月1日にリニューアル開業して、大分マリーンパレス水族館「うみたまご」となった。

城崎マリンワールド（きのさきマリンワールド、KINOSAKI MARINE WORLD）は、兵庫県豊岡市の日和山海岸に本拠地を置くアトラクションを備える水族館である。魚類や海獣の展示、ダイビング疑似体験アトラクション、イルカやアシカのショーが行われる他、イルカとの触れ合いなどの体験活動などが行われる。また、水族館でありながら園内にはアジの釣り堀があり、釣ったアジをその場で天ぷらにして食べることの出来るユニークな催しも行われている。

京都水族館（きょうとすいぞくかん、英語表記：Kyoto Aquarium）は、京都市下京区にある梅小路公園内の水族館。

山の水族館（やまのすいぞくかん　YAMA NO Aquarium）は北海道北見市留辺蘂町（るべしべちょう）の温根湯温泉（おんねゆおんせん）にある淡水魚の水族館。北の大地の水族館とも呼称される。

仙台うみの杜水族館（せんだいうみのもりすいぞくかん）は、宮城県仙台市宮城野区高砂中央公園内に所在する民間水族館である。横浜八景島と仙台水族館開発が連携して運営を行う。

NIFREL（ニフレル）は、日本の大阪府吹田市千里万博公園内に所在する博物館。水族館を主体として動物園や美術館を融合させた博物館といえる。三井不動産がエキスポランド跡地を再開発した複合商業施設「EXPOCITY」に属する施設の一つである。水族館は、人工海水を使った内陸型で、海遊館が展示プロデュースする。

姫路市立水族館は、兵庫県姫路市の手柄山中央公園内にある水族館である。日本国内の水族館では珍しく山頂近くにあり別名「山の上の水族館」としても知られている。